Jemaat   Imanuel Oepura (JIO) tercatat sebagai salah satu jemaat yang sudah tua di lingkungan Sinode GMIT karena didirikan pada tahun 1947, bersamaan dengan lahirnya  Gereja  Masehi  Injili  di  Timor  (GMIT).  Pada  masa  lampau  rumah  ibadat jumlahnya  terbatas, di  samping itu  terdapat  anggota jemaat  yang tempat  tinggalnya jauh dari rumah ibadat, akibatnya terdapat anggota jemaat yang sering tidak mengikuti kebaktian hari  Minggu, perjamuan kudus  dan kegiatan-kegiatan keagamaan lainnya yang  dilangsungkan  di  rumah  ibadat  (gedung  gereja).  Dengan  demikian  perlu  dicarikan  solusinya  seperti  upaya  untuk  melakukan  pemekaran  jemaat.  Jemaat Imanuel  Oepura  sudah  melakukan  beberapa  kali  pemekaran  seperti  Jemaat  Pniel Sikumana, Jemaat Sion Oepura, Jemaat Betlehem  Naikolan, Jemaat  Sesawi Oepura dan Jemaat Gunung Sinai Naikolan. 

Khususnya rencana pemekaran bagi Jemaat Sion Oepura dan Jemaat Betlehem Naikolan,  menurut  program  kerja  Majelis  Jemaat  Harian  (MJH)  Jemaat  Imanuel Oepura sudah diprogramkan, tetapi waktunya kapan belum ditentukan secara pasti. Niat ke arah itu mulai diusulkan oleh Drs. Yulius Mantaon sebagai anggota Majelis Jemaat  Imanuel  Oepura  pada  bulan  April  1986.  Beliau  mengusulkan  agar  ketua majelis  Jemaat  Imanuel  Oepura  membuka  dua  pos  pelayanan  jemaat,  yang  satu bertempat  di  Kuanfau  RT  43  Kelurahan  Oepura.  Sedangkan  pos  jemaat  lainnya bertempat di  Bikno’i, wilayah  Kelurahan Oepura  juga  tetapi  kini  karena  pemekaran kelurahan  sehingga Jemaat Betlehem kini terletak di Kelurahan Naikolan. Usulan ini disampaikan  mengingat  dua  lokasi  ini  letaknya  agak  berjauhan  dengan  lokasi kebaktian  Jemaat  Imanuel  Oepura.  Namun  usulan  pemekaran  ini  mula-mula dipandang  oleh  beberapa  anggota  Majelis  Jemaat  Harian  Imanuel  Oepura  belum saatnya.  Tetapi  seiring  berjalannya  waktu  maka  usulan  itu  dipenuhi  pada  bulan Desember tahun 1986. Menurut rencana pemekaran waktu itu Jemaat Cabang Bikno’i (Betlehem) terdiri dari rayon XVIII dan XIX dari Jemaat Imanuel Oepura sedangkan Jemaat  Cabang  Kuanfau  (Sion)  terdiri  dari  rayon  VIII,  rayon  IX  dan  rayon  X  dari Jemaat  Imanuel  Oepura.  Kepala  Keluarga  (KK)  dari  rayon  VIII  disarankan  untuk memilih  jemaat  cabang  di  Kuanfau  (Sion)  atau  tetap  di  jemaat  induk  yaitu  Jemaat Imanuel Oepura (JIO). Banyak KK dari rayon VIII memilih tetap di JIO, karena secara geografis lebih dekat ke JIO. Hanya 2 KK yang memilih di jemaat cabang Sion.  

Secara  Alkitabiah  nama  Sion  sesuai  dengan  firman  Allah  dalam  kitab  nabi Yesaya  pasal  2  ayat  1-5.  Pemberian  nama  itu  dipandang  tepat  karena  berdasarkan alasan-alasan berikut. Pertama, karena dalam Yesaya pasal 2 ayat 2 diutarakan bahwa pada hari-hari yang terakhir gunung tempat rumah Tuhan akan berdiri tegak di hulu gunung-gunung dan menjulang tinggi di atas, segala bangsa akan berduyun-duyun  ke sana.  Gereja  Sion  adalah  rumah  Tuhan  yang  berdiri  tegak menjulang tinggi seperti yang  ada  saat  ini.  Kedua,  bangsa-bangsa  berduyun-duyun  ke  gunung  Sion  karena mengakui  bahwa  Sion  adalah  rumah  Allah  Yakub  di  mana  dari  sana  mereka  akan memperoleh pengajaran yang benar untuk dilaksanakan dalam kehidupan sehari-hari (Yesaya 2:1). Ketiga, menurut Yesaya pasal 2 ayat 4 dan 5 tersirat makna bahwa Sion adalah pusat kerajaan damai. Dengan ketiga makna tersebut di atas maka jelas  bahwa nama  Jemaat  Sion  adalah  tepat  karena Jemaat Sion adalah  rumah Allah yang berdiri tegak di atas bukit-bukit pada hari-hari terakhir dan menjadi tempat untuk kita belajar akan kebenaran firman Tuhan bagi seluruh Jemaat Sion Oepura.